NVIDIA và Đại học Washington ra mắt RFD4-Proteina để thiết kế protein trên Hugging Face Spaces
NVIDIA và Institute for Protein Design thuộc Đại học Washington đã giới thiệu RFD4-Proteina, một mô hình BioNeMo mở có thể đồng thời thiết kế trình tự protein và cấu trúc ba chiều của chúng. Mô hình có thể tạo protein dựa trên các mục tiêu và ràng buộc liên quan đến protein khác, phân tử nhỏ, DNA hoặc RNA, đường, ion kim loại và axit amin đã được biến đổi về mặt hóa học. RFD4-Proteina kết hợp mô hình flow matching với một autoencoder để tạo tọa độ phân tử và đặc tính hóa học cùng lúc, qua đó giảm nhu cầu ghép nhiều mô hình riêng cho thiết kế khung protein, trình tự và cấu trúc đầy đủ nguyên tử. Người dùng có thể chạy thử trên trình duyệt thông qua hai Hugging Face Spaces, trong đó Space GPU chuyên dụng được NVIDIA tài trợ miễn phí từ ngày 21 tháng 10 đến ngày 4 tháng 11 năm 2026; Space ZeroGPU dùng tài nguyên dùng chung và vẫn miễn phí nhưng tuân theo hạn mức tài khoản Hugging Face. Quy trình trên trình duyệt cho phép đánh dấu các “hotspot”, tức những nguyên tử hoặc gốc amino acid cụ thể mà protein mới cần tiếp xúc, tạo thiết kế, xem chúng trong không gian ba chiều và tải các tệp CIF có chú thích để phân tích tiếp. Trong một benchmark trên 24 mục tiêu gắn kết protein, chế độ “thinking” cao của RFD4-Proteina tạo ra 76,40 thiết kế khác biệt về cấu trúc đạt các tiêu chí tính toán của nghiên cứu trên mỗi GPU-giờ, so với 13,24 của phương pháp đứng thứ hai là Proteina-Complexa. Đây mới là kết quả tính toán, vì vậy các thiết kế triển vọng vẫn cần được thử nghiệm trong phòng thí nghiệm để xác nhận khả năng gắn kết và hoạt động. Về thực tế, công cụ này giúp các nhà nghiên cứu và người dùng có chuyên môn khám phá, lọc các ứng viên protein trước khi tiến hành kiểm chứng thực nghiệm.
Các nhà nghiên cứu và nhóm phát triển thuốc có thể thử RFD4-Proteina trực tiếp trên Hugging Face Spaces để tạo và sàng lọc sơ bộ các protein bám mục tiêu, rồi tải tệp CIF về phân tích tiếp. Kết quả hiện chỉ là dự đoán tính toán, nên mọi thiết kế tiềm năng vẫn cần được kiểm chứng trong phòng thí nghiệm.
Đọc bài gốc